Genómica comparativa de aislamientos clínicos Colombianos de Salmonella Typhimurium Variante Monofásica

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dc.contributor.advisorWiesner Reyes, Magdalenaspa
dc.contributor.advisorArenas Suárez, Nelson Enriquespa
dc.contributor.authorCuenca Arias, Palomaspa
dc.creator.cedula11932013704spa
dc.date.accessioned2022-04-30T16:01:44Z
dc.date.available2022-04-30T16:01:44Z
dc.date.issued2021-11-24spa
dc.description.abstractSalmonella Typhimurium Monophasic variant (STVM), has become a problem in public health globally due to its sudden rise of dominant clones and fast spread. In Colombia, the National Institute of Health reported the circulation of this variant since 2015, ranked sixth among the 20 Salmonella serovars isolated with the highest frequency. Our aim was to characterize genotypically the STVM Colombian isolates confirming the clone-type spreading nationwide. In this study, we included a whole-genome sequencing dataset of 21 Colombian clinical isolates of STVM that were analyzed by using bioinformatics and comparative genomics tools. Our results suggest high genomic plasticity in STVM strains mediated by the acquisition of mobile and conjugative genetic elements, conferring heavy metal tolerance and antibiotic resistance. Moreover, the absence of genes involved in adhesion, invasion, and colonization processes suggest an adaptation process of the new serovar, independently of clonal lineage, source, or geographical origin.eng
dc.description.abstractSalmonella Typhimurium variante Monofásica (STVM) se ha convertido en un problema de salud pública a nivel global, por la sucesiva aparición de clones dominantes y rápida diseminación. En Colombia, el Instituto Nacional de Salud, reporta la circulación de esta variante para el año 2015, posicionada en sexto lugar entre los 20 serovares aislados con mayor frecuencia de Salmonella spp. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar genotípicamente los aislamientos de STVM colombianos confirmando el tipo de clon circulante a nivel nacional. En el presente estudio se incluyeron los genomas completos de 21 aislamientos clínicos colombianos de STVM, que se analizaron mediante herramientas computacionales y de genómica comparativa. Los resultados sugieren una alta plasticidad genómica en cepas de STVM mediada por la adquisición de elementos genéticos móviles y conjugativos que confieren tolerancia a metales pesados y resistencia a antibióticos. También, se observó la ausencia de genes involucrados en procesos de adhesión, invasión y colonización, reflejando procesos de adaptación de la nueva serovariedad independiente del linaje clonal, fuente u origen geográfico.spa
dc.description.degreelevelMaestríaspa
dc.description.degreenameMagíster en Bioquímicaspa
dc.description.degreetypeInvestigaciónspa
dc.description.notesPresencialspa
dc.identifier.bibliographicCitationAchard, M. E. S., Stafford, S. L., Bokil, N. J., Chartres, J., Bernhardt, P. V., Schembri, M. A., … McEwan, A. G. (2012). Copper redistribution in murine macrophages in response to Salmonella infection. The Biochemical Journal, 444(1), 51–57. doi:10.1042/BJ20112180spa
dc.identifier.bibliographicCitationAlbanna, A., Sim, M., Hoskisson, P. A., Gillespie, C., Rao, C. V., & Aldridge, P. D. (2018). Driving the expression of the Salmonella enterica sv Typhimurium flagellum using flhDC from Escherichia coli results in key regulatory and cellular differences. Scientific Reports, 8(1), 16705. doi:10.1038/s41598-018-35005-2spa
dc.identifier.bibliographicCitationArenas, N. E., & Moreno Melo, V. (2018). Producción pecuaria y emergencia de antibiótico resistencia en Colombia: Revisión sistemática. Infectio, 22(2), 110. doi:10.22354/in.v22i2.717spa
dc.identifier.bibliographicCitationArnott, A., Wang, Q., Bachmann, N., Sadsad, R., Biswas, C., Sotomayor, C., … Sintchenko, V. (2018). Multidrug-Resistant Salmonella enterica 4,[5],12:i:- Sequence Type 34, New South Wales, Australia, 2016-2017. Emerging Infectious Diseases, 24(4), 751–753. doi:10.3201/eid2404.171619spa
dc.identifier.bibliographicCitationAshton, P. M., Owen, S. V., Kaindama, L., Rowe, W. P. M., Lane, C. R., Larkin, L., … Dallman, T. J. (2017). Public health surveillance in the UK revolutionises our understanding of the invasive Salmonella Typhimurium epidemic in Africa. Genome Medicine, 9(1), 92. doi:10.1186/s13073-017-0480-7spa
dc.identifier.bibliographicCitationBarco, L., Longo, A., Lettini, A. A., Cortini, E., Saccardin, C., Minorello, C., … Ricci, A. (2014). Molecular characterization of “inconsistent” variants of Salmonella Typhimurium isolated in Italy. Foodborne Pathogens and Disease, 11(6), 497–499. doi:10.1089/fpd.2013.1714spa
dc.identifier.bibliographicCitationBarreto, M., Castillo-Ruiz, M., & Retamal, P. (2016). [Salmonella enterica: a review or the trilogy agent, host and environment and its importance in Chile]. Revista chilena de infectologia : organo oficial de la Sociedad Chilena de Infectologia, 33(5), 547– 557. doi:10.4067/S0716-10182016000500010spa
dc.identifier.bibliographicCitationBäumler, A. J., Tsolis, R. M., & Heffron, F. (1996). Contribution of fimbrial operons to attachment to and invasion of epithelial cell lines by Salmonella typhimurium. Infection and Immunity, 64(5), 1862–1865. doi:10.1128/iai.64.5.1862-1865.1996spa
dc.identifier.bibliographicCitationBearson, B. L., Trachsel, J. M., Shippy, D. C., Sivasankaran, S. K., Kerr, B. J., Loving, C. L., … Bearson, S. M. D. (2020). The Role of Salmonella Genomic Island 4 in Metal Tolerance of Salmonella enterica Serovar I 4,[5],12:i:- Pork Outbreak Isolate USDA15WA-1. Genes, 11(11). doi:10.3390/genes11111291spa
dc.identifier.bibliographicCitationBoland, C., Bertrand, S., Mattheus, W., Dierick, K., Jasson, V., Rosseel, T., … Wattiau, P. (2015). Extensive genetic variability linked to IS26 insertions in the fljB promoter region of atypical monophasic variants of Salmonella enterica serovar Typhimurium. Applied and Environmental Microbiology, 81(9), 3169–3175. doi:10.1128/AEM.00270-15spa
dc.identifier.instnameinstname:Universidad Antonio Nariñospa
dc.identifier.reponamereponame:Repositorio Institucional UANspa
dc.identifier.repourlrepourl:https://repositorio.uan.edu.co/spa
dc.identifier.urihttp://repositorio.uan.edu.co/handle/123456789/6383
dc.language.isospaspa
dc.publisherUniversidad Antonio Nariñospa
dc.publisher.campusBogotá - Circunvalarspa
dc.publisher.facultyFacultad de Cienciasspa
dc.publisher.programMaestría en Bioquímicaspa
dc.rightsAcceso abierto
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessspa
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2spa
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-NC-ND 4.0)spa
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/spa
dc.subjectSalmonella Typhimuriumes_ES
dc.subjectVariante monofásicaes_ES
dc.subjectProfagoes_ES
dc.subjectAntibióticoresistenciaes_ES
dc.subjectPlásmidoses_ES
dc.subjectPlasticidad genómicaes_ES
dc.subjectMutacioneses_ES
dc.subjectFlageloes_ES
dc.subjectSecuenciotipoes_ES
dc.subjectSPIes_ES
dc.subjectSGIes_ES
dc.subject.ddc540es_ES
dc.subject.keywordSalmonella Typhimuriumes_ES
dc.subject.keywordMonophasic variantes_ES
dc.subject.keywordProphagees_ES
dc.subject.keywordAntibioticresistancees_ES
dc.subject.keywordPlasmidses_ES
dc.subject.keywordGenomic plasticityes_ES
dc.subject.keywordMutationses_ES
dc.subject.keywordFlagellumes_ES
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dc.subject.keywordSPIes_ES
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dc.titleGenómica comparativa de aislamientos clínicos Colombianos de Salmonella Typhimurium Variante Monofásicaes_ES
dc.typeTesis y disertaciones (Maestría y/o Doctorado)spa
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Maestría en Bioquímica