“Interacción entre la proteína de resistencia de yuca RXAM2 y efectores de Xanthomonas phaseoli pv. manihotis”

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dc.contributor.advisorDíaz Tatis, Paula Alejandraspa
dc.contributor.advisorReyes Guzmán, Edwin Alfredospa
dc.contributor.authorSilva Fernández, Lesly Ximenaspa
dc.creator.cedula11931913144spa
dc.date.accessioned2022-04-30T16:42:43Z
dc.date.available2022-04-30T16:42:43Z
dc.date.issued2021-11-24spa
dc.description.abstractThe Cassava bacterial blight is a disease caused by the bacterium Xanthomonas phaseoli pv. manihotis (Xpm) and has been reported in all regions of the world where cassava is cultivated. The most economical and effective strategy for the management of the disease is the use of resistant varieties, but there have been few studies aimed at understanding the molecular basis of the resistance of cassava to this pathogen. Recently it was identified that the NLR protein named RXM2 confers resistance to different strains of Xpm. However, the molecular mechanism used by this protein to recognize Xpm effectors is unknown. This project allowed the generation of the possible three-dimensional structure of RXAM2 and XopE1, XopE4, XopC2, XopAK and XopV effectors of Xpm, by homology modeling. The LRR domain was identified as the possible responsible for the recognition of the effectors, through rigid and flexible molecular docking. On the other hand, it was possible to identify sites under negative selection in 65 Xpm strains, which suggests a high conservation between the effectors present in strains from different biogeographic regions.eng
dc.description.abstractLa bacteriosis vascular de la yuca es una enfermedad ocasionada por la bacteria Xanthomonas phaseoli pv. manihotis (Xpm) y se ha reportado en todas las regiones del mundo donde se cultiva la yuca. La estrategia más económica y efectiva para el manejo de la enfermedad es la utilización de variedades resistentes, pero han sido pocos los estudios encaminados a entender la base molecular de la resistencia de la yuca a este patógeno. Recientemente se identificó que la proteína NLR llamada RXAM2 confiere resistencia a diferentes cepas de Xpm. Sin embargo, se desconoce el mecanismo molecular que emplea esta proteína para reconocer efectores de Xpm. Este proyecto permitió la generación de la posible estructura tridimensional de RXAM2 y XopE1, XopE4, XopC2, XopAK y XopV efectores de Xpm, mediante modelado por homología. Se identificó principalmente al dominio LRR como el posible responsable del reconocimiento de los efectores, a través de acoplamiento rígido y flexible. Por otro lado, se logró identificar, sitios sujetos a selección negativa en 65 cepas de Xpm, lo que sugiere una alta conservación entre los efectores presentes en cepas de diferentes regiones biogeográficas.spa
dc.description.degreelevelMaestríaspa
dc.description.degreenameMagíster en Bioquímicaspa
dc.description.degreetypeInvestigaciónspa
dc.description.notesPresencialspa
dc.identifier.bibliographicCitationAlmagro Armenteros, J. J., Sønderby, C. K., Sønderby, S. K., Nielsen, H., & Winther, O. (2017). DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning. Bioinformatics, 33(21), 3387-3395. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx548spa
dc.identifier.bibliographicCitationAristizábal, J., & Sánchez, T. (2007). Guía técnica para producción y análisis de almidón de yuca. FAO. http://www.fao.org/documents/card/es/c/cd9e42e3-7200-5990-b0a7-073d05bbcb2a/spa
dc.identifier.bibliographicCitationArrieta Ortiz, M. L., Rodríguez R, L. M., Pérez Quintero, Á. L., Poulin, L., Díaz, A. C., Arias Rojas, N., Trujillo, C., Restrepo Benavides, M., Bart, R., Boch, J., Boureau, T., Darrasse, A., David, P., de Bernonville, T. D., Fontanilla, P., Gagnevin, L., Guérin, F., Jacques, M. A., Lauber, E., … Bernal, A. (2013). Genomic Survey of Pathogenicity Determinants and VNTR Markers in the Cassava Bacterial Pathogen Xanthomonas axonopodis pv. Manihotis Strain CIO151. PLoS ONE, 8(11). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0079704spa
dc.identifier.bibliographicCitationBagaria, A., Jaravine, V., Huang, Y. J., Montelione, G. T., & Güntert, P. (2012). Protein structure validation by generalized linear model root-mean-square deviation prediction. Protein Science, 21(2), 229-238. 10.1002/pro.2007spa
dc.identifier.bibliographicCitationBart, R., Cohn, M., Kassen, A., McCallum, E. J., Shybut, M., Petriello, A., Krasileva, K., Dahlbeck, D., Medina, C., Alicai, T., Kumar, L., Moreira, L. M., Rodrígues Neto, J., Verdier, V., Santana, M. A., Kositcharoenkul, N., Vanderschuren, H., Gruissem, W., Bernal, A., & Staskawicz, B. J. (2012). High-throughput genomic sequencing of cassava bacterial blight strains identifies conserved effectors to target for durable resistance. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109(28), 1972-1979. https://doi.org/10.1073/pnas.1208003109spa
dc.identifier.bibliographicCitationBart, R. S., & Taylor, N. J. (2017). New opportunities and challenges to engineer disease resistance in cassava, a staple food of African small-holder farmers. PLoS Pathog, 13(5). https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006287spa
dc.identifier.bibliographicCitationBastard, K., Saladin, A., & Prévost, C. (2011). Accounting for Large Amplitude Protein Deformation during in Silico Macromolecular Docking. International journal of molecular sciences, 12(2), 1316-1333. https://doi.org/10.3390/ijms12021316spa
dc.identifier.bibliographicCitationBent, A., & Mackey, D. (2007). The New Paradigm and a Lifetime Supply of Questions. Annual review of phytopathology, 45, 399-436. https://doi.org/10.1146/annurev.phyto.45.062806.094427spa
dc.identifier.bibliographicCitationBentham, A. R., Zdrzalek, R., De la Concepcion, J. C., & Banfield, M. J. (2018). Uncoiling CNLs: Structure/Function Approaches to Understanding CC Domain Function in Plant NLRs. Plant and Cell Physiology, 59(12), 2398-2408. https://doi.org/10.1093/pcp/pcy185spa
dc.identifier.bibliographicCitationBernhofer, M., Dallago, C., Karl, T., Satakopam, V., Heinzinger, M., Littmann, M., Olenyi, T., Qiu, J., Schütze, K., Yachdav, G., Ashkenazy, H., Ben-Tal, N., Bromberg, Y., Goldberg, T., Kajan, L., O'Donoghue, S., Sander, C., Schafferhans, A., Schlessinger, A., … Rost, B. (2021). PredictProtein - Predicting Protein Structure and Function for 29 Years. Nucleic Acids Research, 49(1), 535-540. https://doi.org/10.1093/nar/gkab354spa
dc.identifier.instnameinstname:Universidad Antonio Nariñospa
dc.identifier.reponamereponame:Repositorio Institucional UANspa
dc.identifier.repourlrepourl:https://repositorio.uan.edu.co/spa
dc.identifier.urihttp://repositorio.uan.edu.co/handle/123456789/6385
dc.language.isospaspa
dc.publisherUniversidad Antonio Nariñospa
dc.publisher.campusBogotá - Circunvalarspa
dc.publisher.facultyFacultad de Cienciasspa
dc.publisher.programMaestría en Bioquímicaspa
dc.rightsAcceso abierto
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessspa
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2spa
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-NC-ND 4.0)spa
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/spa
dc.subjectInmunidad vegetales_ES
dc.subjectBacteriosis vasculares_ES
dc.subjectModelamiento estructurales_ES
dc.subjectAcoplamiento moleculares_ES
dc.subjectPolimorfismoses_ES
dc.subject.ddc540es_ES
dc.subject.keywordPlant immunityes_ES
dc.subject.keywordCassava bacterial blightes_ES
dc.subject.keywordStructural modelinges_ES
dc.subject.keywordMolecular dockinges_ES
dc.subject.keywordPolymorphismses_ES
dc.title“Interacción entre la proteína de resistencia de yuca RXAM2 y efectores de Xanthomonas phaseoli pv. manihotis”es_ES
dc.typeTesis y disertaciones (Maestría y/o Doctorado)spa
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdccspa
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dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestríaspa
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Maestría en Bioquímica